肛瘘依据瘘管位置、数量，分为低位、高位、单纯、复杂性肛瘘，以手术治疗为主，手术方式依据瘘管情况决定。单纯性肛瘘的手术方式包括瘘管切除术，直接将瘘管切开；瘘管剔除术，探针从瘘管内口进入，从外口穿出，结扎瘘管，缓慢切除，治疗效果较彻底。高位复杂性肛瘘，如海底漏，需要2-3次分期手术治疗，因一次性切除术易损伤直肠环，而影响肛门功能。