基质性角膜炎是指角膜基质内弥漫性炎症的浸润，非化脓性炎症，它不会引起溃疡性组织缺损病变，主要是由病原微生物的抗原与血液中的抗体，在角膜基质内发生免疫反应所导致。基质性角膜炎常见原因有先天性梅毒、结核、风湿、麻风、巨细胞病毒、莱姆病等。细菌性角膜炎、基质性角膜炎有区别，基质性角膜炎是一种免疫性的疾病；细菌性是外部的原因，外源是细菌感染，是不一样的。