肛门疼痛主要针对不同病因采用不同的治疗方法，如果由神经官能症引起，病人会怀疑肛门疼痛，通过各种检查发现，肛门组织结构正常，没有其它病因，这时考虑原发性神经痛或神经官能症，采取止疼药物或者抗抑郁药物，抑制疼痛；如果由肛门疾病引起，比如肛裂、痔疮，毫不犹豫采取手术方法；如果由感染引起，比如肛窦炎、肛周脓肿，可以局部使用消炎止痛药物，利用抗生素抗感染的方式抑制；如果由损伤引起，如骨折引起的疼痛，采取固定的方式控制疼痛。