子宫内膜异位症的手术治疗后如果复发，一般不主张再次进行手术治疗。因为手术的本身可能会导致卵巢储备功能的进一步下降，同时降低术后再次生育的可能性，而且手术本身并不能够根治子宫内膜异位症，并非是一劳永逸的方式。所以对于仍然希望怀孕的女性而言，如果卵巢巧克力囊肿在血清标记物的检查不过高，或者B超下提示恶性的可能性不高时，可考虑在辅助生殖的过程中进行阴道B超的引导下囊肿穿刺术，并且将其送去病理化验，明确是否有恶性的可能。通常而言子宫内膜异位症，由于手术的本身只能清除肉眼所见的细小病灶，而对于肉眼不能所见的极细小病灶是无法完全彻底的清除，故而当手术后此部分病灶再度生长出来的时候，则会进行不停的复发。对于这样的患者而言，手术的本身已经无法解决这样的问题。因此，对于只要不是恶变可能、体积不大的病灶，且没有明显症状表现的情况下，一般主张药物和观察为主。但是对于有生育要求的女性，一定积极到生殖专科医院就诊。