扁平疣的最佳祛除方法一般是以外治为主。如果扁平疣出现在手背、手臂上，则可以用冷冻、激光、汽化治疗。 如果扁平疣出现在头面部，则可以谨慎的用0.3%的迪维霜外擦，但是要求避光，即晚上睡觉之前抹药，白天起床之后一定要清洗掉，因为0.3%的迪维霜有光敏性，有些人在用药不注意的情况下，会引起光敏反应导致色沉，容易引起更多的不便。 治疗扁平疣还可以用调节免疫的方法，比如吃左旋咪唑、打卡提素、干扰素，干扰素局部用在扁平疣上，稍微有点疼痛，但是效果很不错。这些治疗都必须在医院由正规的医生来操作，所以建议患者不要私下到小门诊或者自己滥用药物，以免导致皮肤毁损。