甲状腺过氧化物酶阳性可以诊断自身免疫性甲状腺炎等疾病。甲状腺过氧化物酶阳性在使用干扰素、白介素-2等药物时，可能出现甲状腺功能异常的危险因素，还有阳性时在使用胺碘酮治疗期间，可能出现甲减的危险因素。过氧化物酶阳性是妊娠流产和体外受精失败的危险因素。假如不是妊娠期，单纯的过氧化物酶高要结合甲状腺功能。甲状腺功能正常可以不需要治疗，只是提示可能存在自身免疫性甲状腺炎，假如是妊娠期阳性也要结合甲状腺功能，可能需要使用左甲状腺素钠治疗来改善它的预后，防止流产。