根管治疗过程中咬合痛的原因如下：1、根管治疗的过程中治疗器械会超出根尖，损伤到根尖周的组织，会造成组织水肿，根管预备后经常会出现疼痛，这也是要跟患者交代的。这种情况一般属于正常的过程，基本上2-3天后这种症状会慢慢消除；2、根管预备时将根管内的坏死组织，还有细菌推出了根尖孔造成了根尖的急性炎症；3、根管消毒中药物渗出根尖孔，造成化学性根尖周炎；4、处理牙髓的过程中根尖出血；5、若有感染的根管需要找到被遗漏的根管，然后再做根管充填治疗；6、根管充填不到位，这种情况需要再重新做根管治疗。