大脑不同的脑区灰质主管不同的功能。抑郁症主要是一种情绪的障碍，与大脑中主管情绪的皮层都有很大关联，如杏仁核、前扣带回、前额叶一些主管情绪的皮层。经颅磁刺激的原理就是给予情绪控制有关的皮层施加一个短时的磁场刺激，达到情绪调控的目的。一般的疗程会在30分钟左右。已有的研究表明，40%的重度抑郁患者在进行经颅磁刺激的治疗之后，自杀观念可得到一定程度的改观。