引起小孩甲状腺功能低下的原因，主要见于以下几个方面：1、先天发育异常：先天因素导致甲状腺组织发育不良或者甲状腺缺如，都可以导致甲状腺功能低下；2、先天遗传性疾病：往往是染色体隐性遗传病，导致合成甲状腺素的酶缺乏，从而导致甲状腺激素不能正常合成；3、饮食不当：在合成甲状腺激素的时候碘元素必不可少，如果孩子的饮食当中缺乏碘元素，会导致孩子出现甲状腺功能低下；4、慢性淋巴细胞性甲状腺炎：容易导致孩子出现甲状腺功能低下，常与孩子体内的免疫功能紊乱有一定的关系。