肺结节消除最好的方法要根据病因来进行选择，具体如下：1、肺部炎症：一般细菌感染引起，可以口服头孢类抗生素，包括头孢克肟、头孢拉定、头孢丙烯等，进行抗炎治疗，可以逐步消除肺部炎症，减少肺结节的形成和发展；2、结核性感染：此种情况消除最好的方法是抗结核治疗，主要是口服异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺等药物，来进行抗结核治疗，能逐步控制结核发展，消除肺结节形成；3、早期磨玻璃样结节：考虑原位癌或者微浸润性腺癌等，此时药物治疗效果不佳，可以选择胸腔镜下的肺部楔形切除、肺段切除或肺叶切除，是最好的消除肺结节的方法。所以，肺结节消除最好的方法要根据病因来进行选择，不能一概而论，要结合具体肺结节的性质、大小以及可能的病因来进行药物治疗或者手术治疗，达到消除肺结节、根治的目的。