卵巢囊肿5cm能怀孕，但是建议不要怀孕，要先处理卵巢囊肿，通常这时的卵巢囊肿都是新生肿物。功能性卵巢囊肿通常都比较小，如3-4cm，生理性囊肿都会自然消退。新生卵巢囊肿不能消退，属于卵巢肿瘤，建议在怀孕之前处理囊肿。囊肿本身对怀孕无较大影响，但在怀孕以后，由于增大子宫可能会使卵巢位置发生改变，这时就容易出现并发症，如卵巢囊肿扭转，甚至出现囊肿破裂。尽管其发生机会不高，但是一旦发生就属于急症情况，可能会引起下腹疼痛、发烧等，处理较麻烦。因此建议在妊娠之前解决卵巢问题，再考虑怀孕。