种植牙三年后疼痛原因一般是种植体的基桩相对松动，或者折断引起的，或螺丝松动或折断，种植体修复基架断裂，或种植体折断引起的，还有种植体周围炎，还有种植体周围骨吸收引起的；临床上常见还是种植体周围炎还相对的比较严重点。一般我们常规种植以后，一般1年还是要尽力普查一次，了解整个骨吸收情况。再一个有种植体的人，要注意口腔护理，尽量避免这些事情发生。