慢性扁桃体炎属于免疫器官反应，免疫器官的反应一经激发，若能得到很好的治愈，则其危害较小。慢性扁桃体炎本身危害较小，但其未能得到很好的治疗后，病菌会随着血液传播至心脏、肾脏，或者皮肤、骨骼等部位，可引发风湿性心脏病以及风湿性肾病，皮肤病变多发生神经性皮炎，也即是常说的牛皮癣，还可引发骨关节疾病，所以慢性扁桃体炎的危害很大。由于慢性扁桃体炎还会引发孩子的慢性鼻炎、鼻窦炎以及中耳炎，因此建议慢性扁桃体炎一旦发作，应及时进行彻底的治疗，以免产生后患。临床上有大量的实例可以证明，慢性扁桃体炎的危害是很大的。