耐药结核病首先要做影像学检查，如摄片、CT、磁共振、超声等。通过影像学检查明确耐药结核病发生的部位，不同部位的结核病影像学检查各有侧重。其次需要做鉴别诊断的相关检查，如结核菌素试验、结核抗体、γ干扰素释放试验等。如果是浆膜腔积液的病人，要穿刺抽液，做浆膜腔积液的相关检查。诊断较疑难的病人，需要做腔镜检查。如气管镜、胃镜、肠镜、腹腔镜、胸腔镜、纵隔镜等等，甚至需做穿刺活组织检查和手术探查等。另外最重要的是耐药结核病人，要做耐药结核菌的培养、菌型鉴定、药物敏感试验，通过上述各种检查方法取得的标本进行检查，从而判断耐药结核病的种类，耐药的程度，从而指导治疗。