肛瘘主要的表现就是肛门周围有小眼，医学称为外口，可能会间断性地流分泌物，有炎症时周围会有疼痛，会分泌脓性、白色或灰白色的分泌物。如果喝酒、熬夜、免疫力下降等，导致肛瘘发炎，还会有感染、疼痛等表现。肛瘘其他的表现可能少见，比如很多外口连在一起与阴道形成直肠阴道瘘。如果外口长在更远的地方，可能有其他的表现，这时如果有炎症，也会有疼痛，最主要的表现还是有分泌物。