诊断克罗恩病常常通过临床表现、血生化及病理支持等方面进行确诊，临床表现通常有腹痛、肠梗阻、肛瘘、腹泻、穿透性炎症等症状；生化表现通常为血常规存在异常，C反应蛋白、肝肾功能、免疫全套、血沉等出现相关变化；影像学资料会通过胃镜、肠镜、小肠镜、CT及B超等提示异常，在内镜下表现为铺路石样改变；同时病理支持也是诊断克罗恩病的标准。因此，诊断克罗恩病要结合以上资料进行确诊。克罗恩病通常需要与肠结核、肿瘤等疾病相鉴别，可通过病理资料进一步支持诊断。