男孩尿道下裂发生为多种原因共同作用的结果，可能在胚胎性别发育过程中有内分泌缺陷、紊乱或者其它各种原因，使尿道沟从根部到头部的融合发生停滞。随后形成不同类型的尿道下裂，目前证实原因可能有雄激素受体异常、遗传基因突变、内分泌失调，及细胞间信息传递、表皮生长因子表达降低或环境因素。 目前尿道下裂发病率显著上升，可能与环境中广泛存在雌激素或抗雄激素物质污染有关。环境污染使正常激素发生改变而产生畸形，在尿道下裂过程中染色体畸变。性染色体异常、常染色体异常均有可能会导致尿道下裂，且尿道下裂与遗传相关。有20%-25%的病例明确有家族遗传史，且患尿道下裂可能性比正常人高10倍左右。此外，出生体重较低也为尿道下裂的高风险因素。