无痛麻醉技术是目前非常成熟的麻醉技术，本身的副作用非常少，最主要的是使用的静脉全麻药物的副作用，比如所使用的静脉全麻药丙泊酚，在注射时由于药物对血管的刺激性，可能会产生注射痛；另外，在无痛麻醉苏醒初期，由于药物的后遗作用，小部分患者可能会出现头晕的现象，这个时候需要患者平躺休息，等到患者完全清醒之后才能够离开观察室。一般来说，无痛胃镜在检查结束之后5-10分钟左右能够自然苏醒。值得一提的是并不是所有人都能实施无痛胃镜，一些特殊患者由于有严重的高血压、冠心病或者心脏疾病，实施无痛胃镜时，需要承担非常大的风险，因此不太建议实施无痛胃镜术。