百会穴位于头顶部，疼痛原因具体如下：1、颅内器质性病变：对于存在基础疾病，如高血压、糖尿病、动脉硬化患者，如果百会穴疼痛需关注脑血管病变。如脑出血或脑梗塞，建议进行头颅核磁共振检查同时，联合头颅血管核磁共振检查，明确是否存在器质性病变；2、局部肌肉紧张或无菌性炎症：可以口服镇痛药物缓解，也可以通过局部注射药物缓解症状；3、颈椎病：目前颈源性头痛发病率较高，而且颈源性头痛临床表现复杂多样，主要由于人颈、肩部软组织损害以后，刺激枕大神经和耳大神经等穴位引起疼痛。