尖锐湿疣潜伏期短则3周，长可以达8个月，平均是3个月。病毒潜伏期间仅仅是人乳头瘤病毒，也叫HPV病毒，入侵到生殖器官细胞内，但还没有长出肉眼可见的疣体。这期间即使做皮肤活检，组织病理学改变也不是很典型，只有通过分子生物学手段检测到HPV的DNA，才可以明确诊断。但这种方法临床上很少用，因为成本很高，并且很多医院也并没有开展此项业务。 即使通过检测明确有潜伏的感染，因为看不到疣体，通过普通激光、冷冻治疗也不能治疗潜伏感染，只能外涂咪喹莫特或光动力治疗，这两项治疗均属于花费比较高的自费项目，所以在潜伏期间可以不做任何处理。只要在疣体比较小时，也就是早期，发现肉眼可见疣体后，及时进行激光、冷冻等物理治疗，疗效非常好，可以彻底治愈。