小孩子患自闭症的原因，目前考虑和以下因素有关系：1、遗传因素：部分小孩子患自闭症是由于基因突变，遗传因素导致；2、孕期免疫功能紊乱：小孩子患自闭症与在母体内，以及生后存在免疫紊乱有关系，如果母亲在孕期免疫功能处于紊乱的状态，小孩子有可能会得自闭症；3、脑部结构异常：与小孩子脑部结构出现异常有一定的相关性；4、肠道菌群异常：自闭症的小孩子肠道菌群存在着明显问题；5、营养不良：如果小孩子摄入维生素D、二十二碳六烯酸(DHA)等不足，容易患自闭症。