长在男性肛门处的尖锐湿疣往往相对比较难治，主要由于患病部位潮湿、密闭、不通风。治疗方法和长在别的地方，比如阴茎、阴囊、尿道口部位的尖锐湿疣相同，主要包括外用药治疗和物理治疗。 外用药常用5%咪喹莫特乳膏，大多数人涂咪喹莫特乳膏后局部会出现红肿、糜烂等刺激反应，如果处理得当，一般2-3天就可以恢复，很少有人会发生持续反应，物理治疗包括二氧化碳激光、液氮冷冻、微波等。