男性小腹疼痛的原因，可能有以下几个方面：1、实质性脏器的病变：如小肠炎性疾病、克罗恩病、肠结核，以及小肠的肿瘤、间质瘤等。除小肠疾病外还需考虑，有无左半结肠和直肠的疾病，如乙状结肠憩室、乙状结肠炎、直肠炎，以及常见的溃疡性结肠炎、直肠癌、乙状结肠癌，还有直肠和乙状结肠肿瘤。考虑小腹痛有无膀胱肿瘤、膀胱炎症，以及精囊腺和前列腺的肿瘤等，均会引起男性小腹疼痛，可通过CT、超声或者肠镜检查此类疾病；2、植物神经功能紊乱：当植物神经功能紊乱引起肠功能紊乱，常见小肠功能紊乱，表现为肠管一过性痉挛性收缩，从而引起阵发性小腹疼痛，此时可口服调解胃肠道功能的药物如得舒特，再补充益生菌后该症状可得到缓解。