一般来说尿道内尖锐湿疣如果在尿道口，位置较浅，临床可以用冷冻、激光、微波或外用药物进行治疗。如果尿道内尖锐湿疣发生的位置较深，上述办法无法解决，临床可采取光动力的治疗方法，或在尿道内深放药物来进行治疗。 一般在尿道深部的尖锐湿疣，使用普通的二氧化碳激光、冷冻或微波无法触及病灶，需要使用特殊方法，比如LED激光进行光动力治疗。患者也可以在深处上药，但药物的刺激性要小且具有一定的安全性。