磁共振检查主要是利用人体内氢质子成像，故可以观察到的主要是水和脂肪成分，也就是多可以对软组织结构进行观察。对于腹部来说，多可以看到肝脏，比如肝囊肿、肝癌、肝脏良性肿瘤，以及胆囊，比如胆囊结石等一系列疾病。 此外，还有脾脏、胰腺、胃、双肾，以及子宫附件等，都可以利用磁共振检查观察是否发生病变，病变是炎症还是肿瘤，或是先天发育病变等，磁共振通常都可以明确诊断。