慢性肾盂肾炎，最有效的治疗方法是选择合适的抗菌素，进行有效的治疗。慢性肾盂肾炎的致病菌多种多样，一般来说常见的首先是大肠埃希菌。其次是克雷伯杆菌、绿脓杆菌、肠球菌、凝固酶阴性的葡萄球菌等。因此对于慢性肾盂肾炎的人群，建议多次进行清洁中的尿培养，特别是在慢性肾盂肾炎急性发作时，做清洁中的尿培养。另外，针对致病菌，选用敏感的抗生素进行治疗。同时抗菌素的使用时间相对要长，一般来说，需要用4-6周。停药1周以后，要多次进行尿常规，以及清洁中的尿培养，清洁中尿培养的检测确实是阴性，才提示临床治愈。其次要针对引起慢性肾盂肾炎的诱因进行治疗，如泌尿系统畸形、输尿管狭窄等，尽可能去除诱因，提高慢性肾盂肾炎的治愈率。慢性肾盂肾炎的预防也非常重要，如平时要注意提高免疫力，适当多饮水，注意外阴的清洁，对于减少慢性肾盂肾炎反复发作有益。