甲亢经过碘-131治疗后的后遗症主要是甲减，甚至是永久性甲减。在进行碘-131治疗时，医生需根据甲状腺的大小及甲状腺自身的吸碘率，特别精细的计算治疗时需要的碘-131剂量。给予的剂量过多时，会导致甲减；给予的剂量过小时，甲亢容易复发。大多数人在治疗时，给予的剂量会稍微偏大，为了预防复发，有可能会导致甲减。出现甲减时，可用左甲状腺素钠进行替代治疗，以维持甲功正常，且甲减的治疗相对于甲亢要简单的多。