身体里一旦检出病原微生物，无论是细菌还是其它病原体，一定要区分是在体内定植病原体还是标本被污染，以及真正感染病原体。如果确定是真正感染病原体，是否使用抗生素进行杀灭，以及使用何种抗生素，主要取决于机体抵抗力、病原侵袭力以及疾病严重程度。 如何选择抗生素杀灭侵入到机体内细菌，主要取决于感染部位，以及感染病原体是革兰氏阳性菌还是革兰氏阴性菌。细菌是否产生耐药性，结合本部门、本地区流行病学，经验性选择抗生素。此外，需要考虑如果使用抗生素杀灭细菌，希望抗生素是时间依赖性还是浓度依赖性，以及在体内药代动力学和药效学，以及抗生素对于机体带来哪些不良反应等。