呼吸科医生有时会让慢性咳嗽久治不愈的患者去消化科检查，此时通常怀疑慢性咳嗽是由于胃食管反流所致。咳嗽的主要作用是清除气管内的异物，如果在胃食管反流的情况下，胃酸从胃反流到食管，甚至反流到咽部进入气管后，气管会试图通过咳嗽反射将胃酸排出。 在这种情况下，如果仅使用止咳药或消炎药，不针对胃食管反流进行治疗，通常很难治愈。因此部分慢性咳嗽患者是由于胃食管反流引起，需要在消化科进行治疗。