怀孕40天做人工流产较好，原因具体如下：1、原则上40天可以做药物流产，但现在药物流产有10%的失败率，术后出血时间较长，正常情况下可能出血1-2周，继发感染的风险较高，感染以后对后续怀孕影响更大。有10%的概率不能靠自身功能完全把妊娠组织清除干净，最终可能还是需要通过手术清宫；2、如果是人工流产，大部分都能选择做无痛人工流产，可以打麻醉，很大程度解决疼痛、不适问题。手术可控性、操作性比药物流产强，减少术后出血时间长的问题，降低术后感染和再次手术的风险，目前大部分情况下还是更推荐去做人工流产来解决流产问题。