脑干具有特殊中枢功能，又叫生命调节中枢，会调节呼吸。脑干是呼吸中枢，如果出现异常，会导致呼吸功能障碍，出现呼吸紊乱，及呼吸抑制症状。还有心跳、血压波动的中枢，会导致心跳变化和血压波动。脑干、下丘脑、松果体是生物钟调节的中枢，如果出现异常，会出现生物钟紊乱、睡眠障碍。还有性腺调节中枢，会导致内分泌紊乱、水盐代谢异常、水电解质紊乱，出现高渗和低渗的变化，还有抗利尿激素功能，会导致多尿症状。还有部分可以导致腺性功能障碍，男性生殖腺性的功能障碍，或者女性排卵功能障碍，造成不孕不育症状。