龟头内轻微疼痛可能与诸多因素有关，常见原因如下：1、龟头炎：龟头内轻微疼痛常见于浅表性、溃疡性龟头炎，由于浅表性龟头炎刺激龟头表面，导致黏膜表面出现糜烂、破损情况，造成龟头局部疼痛；2、尿道炎：可能出现尿道外口炎症，导致黏膜破损，进而出现局部疼痛症状；3、尿道结石：结石排出时会划破尿道黏膜，导致龟头处尿道黏膜破损进而出现疼痛，通常患者可伴有肉眼血尿或镜下血尿等情况。当患者出现上述症状时，应及时到泌尿外科就医，通过局部检查明确是否存在浅表性龟头炎、溃疡性龟头炎或龟头处结石，若为结石引起的疼痛，还应进行取石治疗。