临床上应用抗菌药物非常普遍，部分药物本身就具有肝毒性，比如就抗结核药而言，利福平、异烟肼还有其他的一些药物，本身就具有肝毒性，所以罹患肝脏疾病时尽量避免使用，尤其是利福平类药物应用。其他抗菌药物亦禁止使用，比如大环内酯类抗菌素、红霉素类抗菌素均有一定的肝毒性，包括其衍生物在肝病时禁止使用，因为这些药物经过肝脏细胞的P450代谢，加重肝脏损伤。药物不一定均安全，比如喹诺酮类药物有时有一定肝损伤，但在临床上发现导致肝损伤几率较低。