耐多药肺结核诊断主要取决于对细菌耐药性的分析。耐多药患者通常气道内能够找到结核菌，结核菌找到后需要进行细菌培养和药敏分析，这属于一个是传统分析过程。药敏分析后可以看到结核菌对于哪些药物存在耐药，常见有利福平耐药、异烟肼耐药等。 现在有较快速的方法，即进行耐药基因检测，特别是利福平，目前已经发现耐药基因，通过耐药基因快速检测可以较早知道是否存在利福平耐药，往往利福平耐药患者较大部分对异烟肼也存在耐药。 诊断耐药性肺结核需要通过细菌学依据，通过药敏或分子诊断依据确定，到底是属于耐药结核还是普通结核。这是诊断耐药结核的唯一办法，也是金标准，一般无法通过其它办法，如影像学都无法诊断，一定是需要通过药敏培养和分子学诊断。