萎缩性胃炎可以服用泮托拉唑，但不建议长期服用。萎缩性胃炎的病理、生理基础是在幽门螺杆菌感染以及其他原因的刺激下，引起胃酸分泌减少、胃内腺体减少，此时如果患者出现腹痛、反酸，可以偶尔服用少量泮托拉唑，但不建议长期大量服用。萎缩性胃炎是胃酸分泌减少状态，若泮托拉唑长期大量地服用，有可能进一步地增加胃内胃酸缺乏的状态，就有可能加重萎缩性胃炎。尤其是服用时间长达1-3个月，这种情况就有可能进一步加重萎缩性胃炎的状况，可服用H2受体阻滞剂如法莫替丁、黏膜保护剂如惠加强(吉法酯片)等替代药物进行治疗。