任何手术都可能发生手术并发症或后遗症。近视做角膜屈光手术早期产生较多问题，譬如手术引起角膜混浊，主要是手术后引起角膜感染等，所以角膜就发混。手术后角膜本身反应引起角膜污染混浊，看东西发雾，但影响不大。 后遗症较严重的问题是青光眼。因为角膜屈光手术后需要用糖皮质激素，用糖皮质激素如果不注意，会引起眼压升高。眼压升高引起视神经损伤，甚至会引起严重青光眼，产生的视功能损伤不可逆。现在由于治疗器械进步，手术技术进步，医生的相应知识增多，手术并发症已越来越少，手术也变得越来越安全。