3个月宝宝睡觉时出现摇头，常见原因如下：1、基础代谢率过高：3个月宝宝基础代谢率较高，因此比较怕热，如果穿衣过多或盖的被子过厚，可导致头部出汗，出现头部瘙痒时，会通过摇头缓解不适；2、缺乏维生素D、钙剂：宝宝体内缺乏维生素D、钙剂，可导致神经兴奋性增高，使得宝宝较烦躁，动作明显增多，头部容易出汗导致瘙痒感，因此出现频繁摇头现象。