尿道有针扎样疼痛的主要原因如下：1、泌尿系统感染：患者可能存在泌尿系统感染，比如膀胱炎、尿道炎等，由于细菌、病毒感染，导致损害膀胱、尿道黏膜，引起局部感觉异常或过敏，出现针扎样疼痛；2、结石、肿瘤病变：若患者存在泌尿系结石、肿瘤，可以引起尿道刺痛感。而患者由于结石嵌顿于尿道内，导致出现局部神经刺激疼痛，属于正常的现象；3、其他疾病：如间质性膀胱炎、慢性盆腔疼痛综合征或慢性尿道疼痛综合征等，可以引起患者出现尿道刺痛感，同样属于较正常的症状。