早晨起来口臭、口苦的原因有以下几种：1、食物：特殊饮食可能会造成口苦、口臭，特别是经过一夜发酵后，未完全消化的食物有可能在口腔和胃肠道形成口苦、口臭的感觉；2、特殊药物：有些药物的副作用为口苦，可改变服药方式，如裹挟药物或用胶囊包裹，可能会减少口苦、口臭的遗留情况；3、口腔局部病变：是否有龋齿、智齿、牙龈病变、牙周病变、口腔黏膜溃疡和糜烂等；4、胃肠道动力问题：是否存在胃食管反流病，包括酸反流和碱反流；5、特殊疾病：如慢性肾功能不全对味觉的响，可能会对口腔感觉造成异常，形成口苦、口臭的感觉。