碎石后还是疼主要有以下原因：1、碎石后损伤：冲击波碎石、各种碎石的方法，造成局部黏膜损伤，肾结石、输尿管结石损伤后，局部会有酸痛等感觉；2、结石未排完：碎石后结石未排完，引起输尿管的梗阻、引起肾脏的积水，局部还会疼痛，有时疼痛还比较重；3、尿路感染：碎石后造成尿路的感染，尿路感染后，细菌和部分炎症物质引起黏膜的水肿，刺激尿路的上皮，引起相应的部位的疼痛，包括肾区的疼痛、膀胱区的疼痛等；4、管路刺激：碎石后放的管路，如双J管碎石后，放双J管来支撑住输尿管、引流肾脏，管的刺激也会引起术后疼痛。根据疼痛情况，查尿、拍片，查B超，看是否有肾积水、尿红细胞多少、白细胞多少，是损伤、炎症、积水，采用解痉消炎、对症治疗，就可以解决疼痛问题。