鼓膜穿刺术会有一定的疼痛感，因为局部麻醉的效果不佳，产生轻微疼痛。如果穿刺相对深，刺到鼓室内壁时有相对明显的疼痛，与穿刺手法熟练程度有关。此外病人耐受程度不同，个人的感觉也不同。还有可能会造成鼓膜穿孔过大，导致穿孔将来不能自行愈合，形成持续性的鼓膜穿孔，导致一定程度的听力下降，但发生的可能性较小。成人局麻下做鼓室穿刺，儿童需要全麻，否则有可能损伤听小骨，导致较严重的传导性耳聋。