孤独症的发生，目前还不是很清楚，对病因学还处于探讨阶段，通常认为是遗传因素和环境因素相互结合，导致孤独症的发生。其常见原因如下：1、遗传因素：孤独症是脑发育异常的疾病，在疾病分类学里面，将孤独症分到神经发育异常类目，而发生过程中最主要的因素是遗传因素；2、环境因素：可能与脑内的神经递质有关，重要神经代谢递质的异常紊乱，还可能是脑的结构与功能异常。脑影像学发现病人脑的活跃区域和结构，与正常人存在差别。也与免疫因素有关，或者可能和妈妈在怀孕、生产中的不利因素有关系，比如妈妈在怀孕时吸烟或不良接触，比如射线等，怀孕期间有病毒感染，以及后期生产过程中有窒息、胎儿的胎粪吸入、产位不正等。