包皮上有小疙瘩的疾病如下：1、珍珠疹：为常见疾病，粟粒大小和针尖大小，呈白色，密集分布，没有融合；2、皮脂腺异位：皮脂腺长在阴茎冠状沟，是黄色粟粒大小的扁平丘疹，生长较慢；3、尖锐湿疣：冠状沟内感染HPV，生长尖锐湿疣，呈小疙瘩样、菜花状、鸡冠状。一般属于传染病，通过接触传染，要及时到医院处理和治疗，包括激光治疗、药物处理；4、肿瘤：比较少见，建议到医院检查、处理。珍珠疹和皮脂腺异位是正常结构，无需处理，如果自我感觉影响美观，可以用激光治疗，一般不建议处理。