月经总不干净的原因以及处理措施如下：1、黄体功能不佳：即黄体萎缩不全，此时患者应口服黄体酮治疗，可以在月经后半期，即月经第13-14天时开始口服黄体酮，后期明确下次月经是否规律；2、子宫内膜病变：常见于较胖或年龄较大的人群，此时可以通过B超检查明确患者是否存在子宫内膜病变，如子宫内膜增厚或存在异常血流，此时需诊断性刮宫或宫腔镜取病理活检，明确是否存在不典型增生，甚至癌症的可能。如果患者存在子宫内膜病变，则需要根据病变程度选择治疗方式。