e抗原阴性主要指乙肝五项中第三项呈阴性，常见于"小三阳"，即一、四为阳性，提示乙肝病毒复制处于相对较低水平，乙肝处于相对稳定时期，此时对患者有益。部分e抗原阴性患者可能不是由于乙肝复制量相对较低，可能是由于乙肝病毒变异，即乙肝C区变异导致乙肝e抗原无法合成，此时乙肝复制也并非处于较低状态，治疗较为困难。此时的e抗原阴性不同于"小三阳"，需要医生更多关注与了解。