由于肠镜检查扰动肠道的环境和菌群，通常不建议进食过热、过烫、过硬的食物，以及油炸、油腻等辛辣刺激性的食物，如烫粥、坚果类的食物。上述食物进食后会刺激肠道，加快蠕动，若有取活检或者切除大的息肉患者，使切创面反复牵拉，容易再次出血和延迟创口。另外，烟和酒对胃肠道黏膜也有刺激，通常不建议摄入。主要是建议进食易消化的食物，而如奶制品、豆制品、胡萝卜、芹菜等容易产气的食物，通常不建议肠镜后摄食过多，需要少量进食或者在进食主食后再进食这类食物。