小腿肚子酸痛的病因，主要有以下几种：1、肌肉劳损：最常见的原因是肌肉的劳损，如过度锻炼或者肌肉长时间处于收缩状态，可导致无氧代谢增多，引起乳酸等局部有害产物堆积过多或者肌纤维受损，从而导致酸痛；2、血液循环不畅：下肢静脉曲张、局部血栓形成等，也可以导致小腿的酸痛；3、神经刺激：当支配腿部背侧肌肉的神经受到刺激，同样也可以导致酸痛的产生，如椎间盘突出波及神经；4、炎症感染：小腿骨骼因退行性变出现骨炎或者软组织感染时，局部也可以有酸痛的表现。如果小腿持续酸痛，休息后不缓解。建议去医院进行相关的检查，从而明确诊断，给予对症治疗。