总体而言，杏仁核属于锥体外系核团，处于大脑深部。手相当于大脑半球，杏仁核在大脑半球深部，最里边的是丘脑，丘脑外边有一个像问号样围绕丘脑转的尾状核，尾状核外面是鞘核，尾状核底部就是杏仁核在的部位。杏仁核也是纹状体中最古老的部分，称为纹状体，纹状体结构与锥体外系有着重要的关系。锥体外系功能是对身体肌张力进行调节，维持平衡，协调随意运动，对随意运动系统有着重要作用。