间质性膀胱炎病因目前尚未明确，因为间质性膀胱炎诊断应用排除性诊断方法，即患者出现相应症状时，除外感染、肿瘤等疾病外，归结原因称为间质性膀胱炎。结果间质性膀胱炎是膀胱黏膜层的通透性增加，尿液中有害成分会刺激到膀胱的固有层、肌层，导致相应症状出现，比如患者有明显尿频、尿急、尿痛，但没有明显泌尿系感染。部分药物或者尿液中的成分改变可能会增加刺激性，会加重或者导致通透性增加。