肾盂肾炎最常见的致病菌不是链球菌，而是大肠埃希菌。肾盂肾炎的感染途径包括上行感染、血行感染、淋巴道感染、局部蔓延，常见的细菌包括大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌和变形杆菌。最常见的感染途径是上行感染，通常见于膀胱炎，细菌沿着尿路到达肾盂，当肾盂的细菌数量到一定程度时，则可以导致肾盂肾炎。大肠埃希菌带有菌毛，所以它可以附着在输尿管上，然后到达肾盂。当病人出现免疫力低下或者有创操作、尿路梗阻时，细菌则会到达肾盂，导致肾盂肾炎。临床治疗时需要进行经验性抗感染治疗，如果效果较差，还要根据病人的尿培养结果，进行相应的治疗。